Teško je utvrditi uzrok abortusa kod kobile, jer brojni faktori komplikuju dijagnozu, a prekid graviditeta često prate sekundarne infekcije koje traju nedeljama ili mesecima i, posle izlečenja životinje, nije lako identifikovati primarnog uzročnika.

Abortus ili pobačaj se definiše kao završetak graviditeta pre nego što je plod sposoban da preživi van uterusa majke. Abortusi mogu da budu neinfektivnog i infektivnog porekla. Infektivni uzroci prekida graviditeta kod kobila su mnogo više proučavani i o njima se mnogo više zna. Mnoge dijagnostičke laboratorije nisu dovoljno dobro opremljene da bi mogle da utvrde uzroke neinfektivne prirode.

Abortusi neinfektivne etiologije
Blizanačka trudnoća, odnosno rođenje dva zdrava blizanca, vrlo je retko. Najzastupljenije mišljenje je da kobila ne može da iznese dva ždrebeta zato što placenta ne može da obezbedi ishranu dva ploda. Abortus uglavnom nastupa u osmom ili devetom mesecu graviditeta.
Blizanačka trudnoća može lako i na vreme da se utvrdi ultrazvukom, već između 35. i 40. dana graviditeta. Posle pozitivnog nalaza, jedan fetus se obično namerno ubija da bi se obezbedilo preživljavanje i rođenje drugog ždrebeta. Mogućnost začeća blizanaca raste kako se bliži kraj sezone pripusta i češće je kod mladih kobila.
Nedostatak progesterona takođe može biti uzrok. Funkcija progesterona je da pripremi matericu za prijem i razvoj oplođenog jajeta. Ovaj hormon je neophodan za održavanje graviditeta. Ukoliko postoji njegov deficit, doći će do kontrakcija materice, koje rezultiraju abortusom.
Torzija, odnosno uvrtanje pupčane vrpce, je najčešći neinfektivni uzrok abortusa. Do pobačaja dolazi u kasnijim stadijumima graviditeta. Plod ostaje bez hranljivih materija i kiseonika i brzo uginjava. Pored torzije, moguće je da se pupčana vrpca obmota oko ekstremiteta ždrebeta, i da ono ugine usled zastoja u krvotoku. Rana smrt ploda može da bude i posledica nekog genetskog poremećaja. Takođe, veliki broj gljivica iz neposrednog okruženja kobile proizvodi toksine koji deluju na reproduktivni sistem. Kobile su osetljive na alkaloid ergopeptin (čak su deset puta osetljivije na ovaj toksin u odnosu na goveda). Ergopeptin luče gljivice koje žive na biljkama, pa ih životinje unesu u organizam na paši ili ishranom kontaminiranog sena. Efekti ovog alkaloida na reproduktivni trakt i mlečnu žlezdu ogledaju se u smanjenju lučenja hormona prolaktina i progesterona, produženju graviditeta i smanjenju lučenju mleka. Ovaj sindrom je poznat kao ergotizam. Zbog smanjenog lučenja hormona u poslednjih četrdeset dana graviditeta, dolazi do abortusa ili se rađa nedovoljno razvijeno i slabo ždrebe.
Prijavljeno je i da neki lekovi izazivaju abortus kod kobila (kortikosteroidi). Treba uvek voditi računa o zdravlju gravidne kobile i nikada joj ne davati lekove bez uputstva veterinara.

Abortusi infektivne etiologije
Herpesvirus je najvažniji virusni uzročnik abortusa kod kobila. Abortus se javlja posle sedam meseci graviditeta, a majka ne pokazuje nikakve simptome bolesti. Najveći broj abortusa ove etiologije se javlja između 8. i 11. meseca graviditeta. U nekim slučajevima, ždrebe se rađa živo, ali sa infekcijom, tako da umire nekoliko dana nakon rođenja.
U cilju prevencije, kobile se vakcinišu u 5, 7. i 9. mesecu graviditeta. Svi pripadnici familije Herpesvirusa su veoma otporni i sposobni da, pošto dođe do infekcije konja, žive u njegovom organizmu u neaktivnom stanju. Ovakve infekcije se nazivaju latentnim i veoma su opasne jer nakon nekoliko meseci, čak i godina, virus može ponovo da se aktivira i ugrozi, kako svog domaćina, tako i druge konje sa kojima je on u neposrednom kontaktu.
Abortus može da se javi 6-29 dana nakon kliničkih znaka virusnog arteritisa. Kobila se zarazi za vreme pripusta zaraženog pastuva. Karkterističan simptom infekcije bakterijom Ehrlichia risticii je akutni enterokolitis koji se manifestuje kolikom. Prateći znaci su dijareja, groznica i pobačaj kod gravidnih kobila. Kod nekih konja se razvija ozbiljna dehidratacija. Abortus se javlja nekoliko meseci nakon ispoljavanja prvih kliničkih simptoma infekcije.
Eksperimentalno inficirane kobile u 100-160. danu graviditeta pobacivale su ždrebad u periodu od 195. do 250. dana graviditeta. Abortus prati placentitis i retencija posteljice. Postoji vakcina protiv ovog uzročnika, ali nije poznata njena efikasnost protiv abortusa kobila.
Infekcija leptospirom se kod konja manifestuje abortusom. Fetus najčešće uginjava u šestom mesecu graviditeta, a na kobilama se retko primećuju znaci bolesti. Oboljenje nije kontagiozno i može da se desi da samo jedna kobila na ergeli bude zaražena, a da ne prenosi infekciju na druge.
Streptococcus, ali i druge bakterije iz spoljašnje sredine (Salmonella, Escherichia coli, Pseudomonas, Klebsiella, itd) izazivaju infekciju, prelazeći preko uterusa do placente. Kobila mora da bude podvrgnuta dugotrajnoj terapiji pre ponovnog pipusta. U praksi se kobile redovno pregledaju pre svakog pripusta ili osemenjavanja da bi se utvrdilo da nema štetnih bakterija u uterusu.
Gljivice takođe izazivaju infekciju placente ascendentnim putem. Uzročnici su najčešće Aspergillus, Mucor i Candida. Do abortusa dolazi u kasnijem periodu gestacije.

Deficijencija hranljivih materija, kao ni padovi ili povrede, nasuprot opšte prihvaćenom mišljenju, ne prouzrokuju abortus kod kobila. Životinje koje su u dobroj kondiciji će izneti ždrebe, a one koje su previše mršave neće ni ostati gravidne. Takođe, eksperimentalna gruba manipulacija gravidnog uterusa nije izazvala abortus ili smrt ploda.